故事以二十一世纪“大侦探时代”中的横浜为舞台，讲述曾经被称为“少年小林”的名侦探小林奥帕拉，因与怪盗“L”于前数年前展开决斗失败而消失于侦探界，但某一天又因为收到福尔摩斯侦探学院的邀请，而成为福尔摩斯小队小队的负责人后展开的一系列故事