被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区并入学巨大人型兵器「卫人」的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。[1] 令谷风长道首次抱有异性意识的女性是——星白闲。谷风长道首次的友人是无性别的科戸濑伊佐奈。令谷风长道意识到挫折的少年是——岐神海苔夫。在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？关乎人类存亡的战斗现在开始了。