《灵飞纪》第二季紧接上季，藏冥山以鬼煞吞元阵毁去京师龙脉，引发尸兵围困金陵，天下大乱燕王携道衍趁机举兵破防入城，冷霜凝为救众人而被藏冥山围攻，朱允炆及柳红烟等人潜入宫中查探，却惊闻国难内幕，几人再度因兵乱离散，天各一方，踏入江湖，此时天下，已经危机四伏……